L’entreprise de Toronto, en Ontario, aspire à devenir la première société au monde dans le domaine de l’intelligence artificielle appliquée à la médecine

« La médecine a toujours reposé sur la vérification d’hypothèses », soutient Brendan Frey, cofondateur et chef de la direction de Deep Genomics. « En médecine, quand quelque chose ne fonctionne pas ou qu’on se demande si un traitement sera efficace, on fait des tests et des expériences pour obtenir une réponse positive ou négative. Cette stratégie simple a porté ses fruits jusqu’à maintenant, mais plus pour longtemps. Nous avons maintenant besoin de systèmes d’intelligence artificielle capables de traiter des quantités phénoménales de données pour cibler des maladies et des traitements. »

Un pionnier de l’apprentissage profond

Au début de sa vie professionnelle, M. Frey a étudié les réseaux neuronaux et les modèles graphiques sous la supervision de Geoffrey Hinton à l’Université de Toronto, où il a ensuite réalisé des percées significatives dans des applications d’apprentissage profond axées sur la reconnaissance des images et de la parole.

C’est à cette époque que M. Frey et son épouse, alors enceinte, ont vécu une tragédie mettant en cause leur enfant à naître. « Psychologiquement, nous avons eu beaucoup de difficulté à passer à travers cette épreuve », confie-t-il. « On nous a dit qu’il n’y avait soit aucun problème, soit un problème majeur. Ça ne suffit pas. Il devrait y avoir des systèmes capables de nous indiquer ce qui risque de se produire et de nous aider à déterminer quelles sont nos options. Personne ne devrait avoir à vivre ce que nous avons vécu. » M. Frey a dès lors décidé que la seule voie à suivre pour lui serait de se consacrer à avoir une incidence déterminante sur la société par l’application de l’apprentissage profond à la médecine. En 2002, il a donc changé l’orientation des travaux de son groupe de recherche pour chercher à déterminer comment l’ADN code la vie.

Tenter d’expliquer le comment du pourquoi

« Oui, le projet du génome humain, le projet 1 000 génomes et le projet 100 000 génomes ont connu du succès. Mais ce n’est pas parce qu’on peut lire les lettres qui forment la séquence du génome qu’on sait ce qu’elles signifient », explique M. Frey. « Quand on réussit à reconnaître une mutation, on sait qu’un certain nucléotide est différent des autres, mais on ne sait pas si c’est une bonne ou une mauvaise chose ni si la situation peut être corrigée. »

M. Frey estime que la seule manière de mieux définir le fonctionnement du génome réside dans l’intelligence artificielle. À son avis, c’est elle qui permettra d’accéder à de nouvelles connaissances sur lesquelles pourra se baser la prochaine génération de chercheurs en médecine. « Aucun humain ni aucun groupe d’humains ne finira par comprendre un jour le fonctionnement du génome. C’est trop complexe », soutient M. Frey. « Nous avons évolué sur le plan de la reconnaissance visuelle, nous avons inventé le langage et l’écriture, mais nous n’avons pas progressé au point de décrypter l’ADN. Il n’y a qu’un moyen de gérer un système complexe contenant des données qui se multiplient à un rythme exponentiel, et c’est l’intelligence artificielle. »

La lumière au bout du tunnel

Deep Genomics, qui a déjà une feuille de route remarquable, promet d’afficher une réussite exceptionnelle. « En date de 2014, nos systèmes d’apprentissage profond étaient en mesure de distinguer les mutations pathogènes des mutations non pathogènes, même s’ils n’avaient jamais vu ces mutations avant », déclare M. Frey. Depuis deux ans, Deep Genomics a reçu 5 M$ CA en financement de démarrage. À présent, M. Frey et son équipe souhaitent recueillir 15 M$ CA. « Nous entendons métamorphoser le système actuel. Nous aspirons à devenir la première société au monde dans notre domaine, celui de l’intelligence artificielle appliquée à la médecine, capable d’assurer la découverte de nouveaux médicaments. »

Deep Genomics est établie dans le District de la découverte MaRS, à Toronto, et travaille en partenariat avec l’Institut Vecteur pour l’intelligence artificielle.

Apprenez-en plus sur la façon dont Deep Genomics utilise l’apprentissage machine pour changer le visage de la médecine (en anglais seulement).

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